1999年，603所正式承担歼轰-7A“重点型号”研制任务，2000年唐长红就任该重点型号总设计师。603所针对部队提出的303条更改意见，对歼轰-7A改进型机进行了全面更新设计。
603所在广征意见后已于1995年著手进行改良型的设计工作。海军也对此给予了极大的重视和支持，因为这关系到海军在21世纪初是否能够拥有真正的精确对地攻击能力，以及更加强大有效的反舰能力。
西安飞机设计研究所在歼轰-7A的研制中，极大的提高了自己的技术水平。在1999年国庆阅兵之后，上级对603所下达了几个技术难度大、意义重大、 时间紧迫的研制与改进项目。为确保“飞豹”A型的研制，缩短同国外先进航空工业的差距，603所立了军令状。由于上级给的设计时间只有常规时间的一半，如 仍用手工绘图设计，肯定无法按时完成。603所决定将CAD软件应用到A型的设计上，而且放弃了局部采用的稳妥方案，在国内率先起用全机三维数字化设计、 电子预装配的无纸设计。
其中，该所57岁的副总设计师吴介琴为首的攻关组，选取曲面外形复杂的机体某段为突破口，进行计算机三维设计。
但是由于很多传统的零部件加工工厂不完全是用数控铣床、数控车床来加工，还有相当一部分是用传统方法加工。因此又得把三维设计翻译成原始的二维图纸， 可计算机过不了从三维设计自动翻译成二维图纸这一关，不是多线就是少线。为此又要用绘图机上绘出由三维转成二维的图纸。这一过程极为复杂耗时，累垮了部分 科研人员
涡扇-9是英国斯贝(SPEY)MK202发动机的国产衍生型，后者是英国皇家空军F-4“鬼怪”式战斗机的标准发动机。MK202最大推力9， 305公斤，推重比在6.5左右。当时中国希望将MK202作为标准发动机装备，出资5亿英镑，于1975年12月13日与罗尔斯·罗伊斯公司签约引进了 该发动机生产专利。1976年3月，603所的中国红旗机械厂负责开始试制该发动机。1979年7月25日第一台使用英国毛料制造的零组件、罗尔斯·罗伊 斯外购件和附件的涡扇-9完成装配。
同年11月13日完成150小时持久试车，首批共制造4台。1980年初，中国制造的两台涡扇-9发动机和两套部件，在英国高空台上作了高空性能、功 能、再点火试验和-40℃冷起动试验，并对其5种零部件作了强度试验考核。同年5月30日，中英双方在考核试验通过报告上签字。至此红旗厂成功的实现了第 一步，用英国毛料成功试制出涡扇-9发动机。按计划，当时应该接着进行国产毛料试制，但由于当时国民经济调整，使涡扇-9国产化进度拖后，1983年才取 得初步进展。压缩机叶片的铸造技术到88年才得以突破。
国产涡扇-9最大加力推力9305千克，最大军用推力5557千克，中间状态推力4692千克，最大连续推力4692千克，最大军用耗油率0.*千克 /千克/小时，最大加力耗油率2.0千克/千克/小时，推重比5.05，空气流量92.5千克/秒，涵道比0.62，总增压比20，涡轮前温度1167摄 氏度，直径1093.32毫米，最大长度5205毫米(喷口全张开)。从数据来看，涡扇-9的推力固然无法与AL-31等先进发动机相比，但以当时的技术 水平已经相当不错了。尤其耗油率则远远优于当时国内的涡喷发动机，使得歼轰-7的航程得到了保证。从弹程指数(载弹量与作战半径乘积)，“飞豹”的弹程指 数为3150t·km，”狂风“为3120t·km ,F/A-18为2960t·km。
但真正实现全面的国产化还未能实现，在2003年7月17日，国产化涡扇-9通过国产化工程技术鉴定，获准投入批量生产。实现全国产的涡扇-9被命名为“秦岭”。于是乎，涡扇-9发动机经过近30年奋斗，终于实现了完全国产化。
现在大家知道我们的真实工艺水平了吧，好几十年前的东西，我们仿制起来都那么困难！想想老美的C130和B52的水平，都已经50多年了，我们还是造不出啊，希望大家努力啊！
2000年9月26日，603所的三维无纸设计传到西安飞机制造公司。西飞按此图纸生产加工出第一个零件。这标志着国内航空无纸设计获得了首创性的成功。
随后603所做出了中国第一台电子样机。最终，603所借“飞豹”A的研制，建立了具有自主知识产权的CAD/CAE/DMU/PDM集成数字飞机工程设计系统。
其中，在国内率先引进NT版CATIAV5软件，进行二次开发应用，从5.0版发展到5.6版，实现了飞机三维设计，超越了传统的落后设计，达到国际先进水平。至此，歼轰-7A全机三维设计是 国内首架全机电子样机，并在国内首次实现了“电子预装配”，创建三维数模24744个，部分直接应用于飞机制造和工装设计，实现了无纸设计与制造。
研究所用了不到一年时间高质量地完成了改进的全部详细设计发图，4个月完成了某工程电子样机，创造了飞机设计史上的奇迹。但是由于CAD的不完善，部 分工作还需要转回到纸面上进行，费时费力。
总体的看，603所在研制歼轰-7A的过程中，跟踪国际航空工业最新技术动态，运用新技术，结合现代集成设计理念、管理方法、技术体系和先进装备，构 建飞机设计研究和管理一体化体系。逐步采用了项目管理、A-B总师制、并行工程现代先进管理方法，全面提高飞机总体技术水平和质量，对飞机结构及其系统进 行了最低限度的适配性更改，提高了飞机战技性能。
603所在所长黄强和所领导班子带领下，借助国家高新工程的机遇，把歼轰-7A作为重大契机，重点加强飞机系统、总体设计、综合试验等开发能力，高起点进行科研保障条件建设。我国航空设计的总体水平仍与美俄有一定差距，体制、程序上也存在着不合理之处。
A型主要作战目的集中为精确对地打击能力和打击大型舰艇的能力。A型的重点是自主研制“综合航电火控系统”，将飞行控制系统和火控系统互联综合，这在 国内是首创，空军对此也深感兴趣。A型改进的航电火控系统，尤其是前后舱的综合显控技术是国内最复杂、技术难度最大的系统，大量采用有源液晶显示器，具备 了“玻璃化座舱”的特点。这也是我国第一个采用商用显控系统的军用作战飞机型号。
在发动机方面，涡扇-9的全面国产化将继续推进，2001年前后该项工作获得重大突破。但至2004年上半年，国产化工作仍存在各种各样的问题，尚无法全面铺开大量装备，对“飞豹”A进入部队形成战斗力产生了严重影响。
在机体结构、气动外形方面也作了改进。采用了北京航空制造工程研究所具体负责的全复合材料平尾，简化了平尾的工艺难度和成本，减重及强度和寿命性提高 一倍；该所还负责了歼轰-7A的钛合金超塑成型双腹鳍，使得飞机的稳定性和载荷分布得到了合理调整。这也代表着我国钛合金设计制造技术有了新的发展。对平 尾翼尖配重形式进行优化，改善平尾的颤振特性；提高了其承载能力和颤振临界速度，减低振动效应，原来减重20％的目标提高到24％。改用整体圆弧风档。垂 尾前缘改用芳纶复合材料。
经过共计35项新材料、新工艺、新技术的改进之后，A型空重减少400千克，最大起飞重量增加10％，航程增加。提高了可靠性和维护性。局部涂敷隐身 涂料。为配合上述改进，西安飞机设计研究所研制出国内最大的全机低速颤振模型；自主开发了应力分析求解、有限元整体求解等。
改进将使A型具有使用多种国产和俄罗斯先进精确制导武器的能力。按国内近年航空武器发展的情况，歼轰-7A的武器装备如下：保留23-3
23mm双管机炮。歼轰-7A有10个外挂点，除了能使用C-801/803反舰导弹外，还可使用引进生产的Kh-31A(AS-17)超音速反舰导弹，Kh-31P超音速反辐射导弹。采用国产巡航导弹，国产巡航导弹已部署服役。
2004年“飞豹”A已可投掷激光制导炸弹。
其他可用的对地攻击武器，还包括现役和研制中的国产与进口航弹、火箭弹等。歼轰-7A可使用的外挂吊舱包括：由607所研制的蓝天全天候低空导航吊 舱，以及613所研制的前视红外(FLIR)/激光瞄准组合夹舱等。国内也在研制联合直接攻击弹药(JDAM)和联合距外武器(JSOW)之类的多功能空 射武器，这些武器在由014中心等单位研究开发。
2004年初，海空军在西安进行了两架歼轰-7新改型接收仪式。图中可见歼轰-7A若干外观特点，整体风挡，无翼刀等等。挂载四枚使用涡喷发动机的YJ-83导弹。应该指出的是，这一时刻的“飞豹”A总数量受制于涡扇-9的数量。
现役歼轰-7的改进也在紧张进行。歼轰-7的基型已换上了采用平板缝隙天线的新型雷达，这是一种脉冲多普勒雷达。其天线与JL-10A试验样机略有不同，是JL-10A的批量实用型号。
更重大的歼轰-7改型也在研制中，总的来说，这一改型实际上是一种全新设计，只不过有部分机体还和歼轰-7相同。实际就是歼轰-8。歼轰-8将采用并列双座双垂尾布局，结合当初空军希望要一种并列双座战斗轰炸机的想法。
外形的改动工作量很大，说明研制单位对其的作战对象、环境有了全新的想法。飞行控制系统将彻底大改，取消配重、翼刀等落后的控制手段。8型采用火控、 电子设备将进一步改进。
